Optitype使用

WebOct 11, 2024 · Optitype. 软件安装. 最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处是，win10家庭版不支持docker，要想支持得修改注册表一通操作，太麻烦了。 WebOptiType is a novel HLA genotyping algorithm based on integer linear programming, capable of producing accurate 4-digit HLA genotyping predictions from NGS data by …

Investigations of sequencing data and sample type on HLA class …

WebMay 31, 2024 · Precision HLA typing from next-generation sequencing data - Issues · FRED-2/OptiType WebJan 8, 2015 · OptiType is a novel HLA genotyping algorithm based on integer linear programming, capable of producing accurate 4-digit HLA genotyping predictions from … bistro high top table and chairs https://perfectaimmg.com

OptiType: precision HLA typing from next-generation sequencing …

WebJan 8, 2015 · NGS-based HLA typing algorithm. Image. Pulls 10K+ Overview Tags. OptiType. Precision HLA typing from next-generation sequencing data. Authors: András Szolek, Benjamin Schubert, C http://www.yucebio.com/NewsInformation/Inner/419 WebMay 10, 2024 · opitype的使用分成以下两步： 1. 采用 razers3 比对参考序列数据库. razers是一款比对工具，可以从原始的测序数据中筛选出属于HLA基因的reads。opitype利用HLA I … dart rail to hiking trail

OptiType: Precision HLA typing from next-generation sequencing data

Category:FRED-2/OptiType - Github

Tags:Optitype使用

Optitype使用

科学网—HLA分型软件总结 - 赵加栋的博文 - sciencenet.cn

Web我们首先使用 HLA-HD、Athlates 和 OptiType 对 HLA 的 I 型和 II 型共计 12 个标准品分析，具体结果见表 3。HLA-HD 和 Athlates 比 OptiType 的 HLA I 型分型更加准确，两者仅 … WebMay 20, 2024 · For both WES data and RNA-seq data, OptiType showed the highest accuracy for HLA-Ia typing than the other 3 programs at 2-digit and 4-digit resolution. Additionally, HLA typing accuracy from WES data was higher than from RNA-seq data (99.11% for WES data versus 96.42% for RNA-seq data). The accuracy of HLA-Ia typing by OptiType can …

Optitype使用

Did you know?

Web4.使用optitype进行分型: OptiTypePipeline.py -i input_1.fastq input_2.fastq --rna -v -o /path/to/output/dir/. 详细参数说明请参照之前的文章 生科院的老张：服务器singularity安 … WebJun 10, 2024 · OptiType is a novel HLA genotyping algorithm based on integer linear programming, capable of producing accurate 4-digit HLA genotyping predictions from NGS data by simultaneously selecting all major and minor HLA Class I alleles. Environment Modules. Run module spider optitype to find out what environment modules are available …

WebJun 10, 2024 · OptiType is a novel HLA genotyping algorithm based on integer linear programming, capable of producing accurate 4-digit HLA genotyping predictions from … WebJun 25, 2024 · 使用全外显子组测序（wes）检测hla基因中的体细胞突变受到hla基因座的高度多态性的阻碍。 描述一种计算管道，其能够准确推断I类HLA-A，-B和-C基因的种系等位 …

WebJul 19, 2024 · opitype利用HLA I型基因exon2到exon3的DNA序列构建了一个参考数据库，如果reads能够比对到这个参考数据库，认为这些reads来自与HLA基因。. 用法如下. docker … WebApr 14, 2024 · Optitype的运行需要python2（我实测使用python3也能成功运行），RazerS，samtools，HDF5，CPLEX（由于CPLEX是个商用软件，建议使用GPLK代 …

WebDec 16, 2024 · conda install optitype 或者 docker pull fred2/optitype. 在使用OptiType进行HLA分析之前，建议先过滤出待分析序列中的HLA序列，这将能节省程序的运行时间，官方推荐使用RazerS3来进行比对，不过该软件会将序列读入到内存中，所以需要机器内存比较大。

WebNGS-based HLA typing algorithm. Container. Pulls 10K+ Overview Tags. Dockerfile ################################################################# # Dockerfile ... dart realty \u0026 property managementWebJan 8, 2015 · OptiType is a novel HLA genotyping algorithm based on integer linear programming, capable of producing accurate 4-digit HLA genotyping predictions from … bistro hilary hoursWeb关于 GitLab GitLab：DevOps 平台 浏览 GitLab 安装 GitLab 定价 与专家交谈 / dart rate in constructionWebNov 29, 2024 · OptiType result output · Issue #85 · FRED-2/OptiType · GitHub. FRED-2 / OptiType Public. Notifications. Fork 69. Star 150. Issues 41. Pull requests 3. Actions. Projects. dart rating chartWebJun 14, 2024 · optitype需要先利用razers3先过滤一下reads，把和HLA相关的序列提出来，然后在运行optitype进行分型，从而加快分析速度。 第一步，Razers3 1 bistro high top table setsWebOct 11, 2024 · Optitype. 软件安装. 最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处 … bistro high top tabledart realty cayman